독학으로 미술을 공부하다 92년에 파리로 건너가 독학으로 회화(반구상)을 본격적으로 공부했다. 이 때 유럽을 돌면서 2차례의 개인전을 연 경험을 갖고 있다. 93년 귀국해 <화가와 사형수>라는 작품으로 시나리오 작가협회 창작 대상을 수상하면서 시나리오 작가 활동을 시작했다. 이듬해 <무단횡단>으로 영화진흥공사 시나리오 공모상을 수상했다. 1995년 초저예산 영화 <악어>를 통해 감독에 데뷔하여 평단에 센세이셔널한 반향을 불러일으켰다. 자살자들이 한강다리에 쓴 낙서에서 아이디어를 얻은 <악어>는 한강에서 자살한 시체들을 숨겨두었다 유족들에게 돈을 받는 기생충 같은 생활을 하는 '악어'와 한강다리 밑으로 찾아오는 버려진 인생들을 독특한 화법으로 그려내 개성을 인정받았다.
1997년에는 파리 유학시절 감독의 밑바닥 생활의 경험을 녹여 <야생동물 보호구역>을 연출했다. 프랑스 로케이션과 드니 라방과 같은 프랑스 배우의 출연으로 화제가 됐지만 기대에는 미치지 못한 작품이었다.
1998년 <파란 대문>은 바닷가 마을 한 여관에 찾아 온 창녀와 여관 사람들과의 갈등과 욕망을 다룬 작품으로, '여대생과 창녀의 역할 바꾸기' 라는 파격적인 소재를 다뤄 논란에 휩싸이기도 했다.
2000년 <섬>은 잔혹한 표현과 여성 비하라는 논란을 불러일으켰다. 전작을 통해 사회의 중심부에서 밀려나 처참한 삶을 살아가는 밑바닥 계층 사람들을 역동적이고 대담하게 그려온 김기덕은 특히 <섬>에서 자극적이고 충격적인 영상 미학을 보여줘 문제적 감독으로 부상하게 되었다. 여성에 대한 가학적인 폭력과 돌파구 없는 욕망의 분출은 여기서 극에 달한다. 하지만 <섬>이 베니스 영화제 본선에 진출한 이후, 비제도권 출신 감독이라는 꼬리표를 달고 있던 그에 대한 평단의 시선은 조금씩 달라지게 된다.
김기덕 감독의 다작 행진은 식을 줄 모르고 계속 되었다. 여성주의적 입장에서 많은 비판을 받은 <섬> 이후 김기덕은 좀 더 세련된 화법을 구사한 <수취인불명>에서 흑인 피가 섞인 혼혈아 창국의 이야기를 통해 한국현대사의 얼룩을 담아냈다. 이 영화는 개인사와 현대사를 창의적으로 혼합했다는 점에서, 그리고 김기덕 영화의 단점으로 자주 지적되어온 스토리텔링의 미숙함을 어느 정도 극복했다는 점에서 영화감독 김기덕의 '성장'을 보여준 영화로 평가받았다. 이 영화로 그는 두번째 베니스행 티켓을 거머쥔다. <실제상황>(2000)은 35mm 카메라 여덟 대와 디지털 카메라 열 대를 동원해 단 하루-3시간 20분만에 촬영을 끝마쳐 또 하나의 이슈를 만들어 냈다.
그의 일곱번째 영화는 사창가의 건달과 그로 인해 매춘부로 전락하게 된 여대생의 어긋난 사랑을 그린 <나쁜 남자>였다. <나쁜 남자>의 극단적인 주제의식과 영상 미학은 김기덕의 독자적인 영역을 재확인시켜주었고 또다시 관객과 평자들 사이에서 격렬한 찬반논쟁을 일으켰다. 하지만 전국 70만 명 이상의 관객을 동원, 첫 흥행작이 되었다.
2002년 작품인 <해안선>은 톱스타 장동건이 선뜻 출연을 결정해 더욱 이슈가 되었던 작품으로 비주류, 저예산 감독과 톱스타의 색다른 결합이라는 화제를 불러일으켰다. 매 번 국내에서보다 해외에서 더 인정을 받았던 김기덕 감독은 2003년 말, 그의 9번째 작품인 <봄 여름 가을 겨울 그리고 봄>으로 청룡영화제에서 작품상을 수상했으며, 원조교제를 다룬 그의 10번째 영화 <사마리아>는 베를린 영화에서 감독상의 영광을 안은 것에 이어, 2004년 <빈 집>이 베니스 영화제 감독상을 수상, 세계 3대 영화제 중 2개 영화제 연거푸 감독상을 수상하는 이례적인 기록을 세웠다.
2006년 신작 <시간> 시사회 자리에서 스크린을 장악한 <괴물>에 대해 "수준" 운운하는 발언으로 논란을 일으킨 뒤 MBC ‘100분 토론’에 출연, 극단적인 발언으로 구설수에 올랐다. 그는 8월 21일 연합뉴스에 보낸 e메일을 통해 사과문을 발표했는데,“늦었지만 이제라도 한국 관객의 진심을 깨닫고 조용히 한국 영화계에서 물러날 수 있다는 것이 다행이라고 생각한다” “저 개인의 영화를 예술영화라는 탈을 씌워 숭고한 한국의 예술영화들과 영화작가들을 모독한 점 깊이 사죄한다” “신작 ‘시간’ 역시 개봉하고 싶지 않다” “이번 사태를 통해 제 자신이 한국에서 살아가기 힘든 심각한 의식장애자임을 알았다”며 자신에 대한 극단적인 자책과 비관을 쏟아냈다.
